Sa première éducation, celle qu'il reçut dans le sein de sa famille, lui donna le goût des connaissances agricoles. Son père, avocat peu aisé, vivait retiré à la campagne, et, occupé d'affaires, le laissait entièrement sous la tutelle morale de sa mère. Celle-ci, en bonne ménagère, ne trouva rien de mieux que d'apprendre de bonne heure à son fils tous les détails de l'exploitation de la ferme qu'ils possédaient C'est ainsi qu'il apprit à lire, à l'âge de douze ans, dans la Maison rustique de Liebault, avec le secours d'un jardinier.

Son ardeur à l'étude prit bientôt un essor plus large et plus élevé, et il apprit rapidement les sciences et les langues anciennes. Il tourna d'abord son ambition vers la médecine, qu'il vint étudier à Paris, en même temps que les mathématiques et la philosophie. Il s'était établi ensuite avec succès comme médecin à Mantes, lorsque le maréchal de Noailles le recommanda à la confiance de la reine. Il publia alors une réfutation du traité de Silva sur la saignée. En 1737, sa réputation était déjà telle, que La Peyronie, occupé du projet de fonder l'Académie de chirurgie, lui obtint la charge de chirurgien ordinaire du roi, avec le brevet de professeur royal et le poste de secrétaire perpétuel de cette Académie. C'est à ce titre qu'il mit en tête du premier volume des Mémoires de l'Académie de chirurgie une préface fort appréciée. D'autre écrits publiés successivement sur la médecine et la chirurgie justifient amplement l'empressement dont il était l'objet.

Mais la goutte l'empêcha de se livrer activement à la chirurgie, et il revint de nouveau, mais cette fois avec la passion d'un homme à systèmes, à ses anciennes recherches sur l'agriculture et sur le rôle de cette source de richesses dans le développement économique des nations. Ce furent ces études nouvelles et ces travaux spéculatifs qui donnèrent au nom de Quesnay le plus grand éclat. On oublia en lui le médecin pour ne voir que le publiciste et l'économiste. Vers la fin de sa vie, il voulut, il est vrai, se livrer également aux mathématiques; mais sa tête était affaiblie, et il ne porta dans l'étude de cette science que des idées chimériques, au point qu'il s'imagina, comme tant d'autres avant lui et depuis, avoir résolu l'insoluble problème de la quadrature du cercle.